Desde sus comienzos, la Investigación Científica y Tecnológica es uno de los pilares fundamentales sobre los cuales pivota la actividad académica de la Facultad de Ingeniería. Prueba de lo mencionado es que en el ámbito de la Facultad funcionan los siguientes institutos de investigación:
- Instituto de Investigaciones para la Industria Química (INIQUI) de dependencia mixta CONICET-UNSa
- Instituto de Beneficios de Minerales (INBEMI)
- Instituto de Ingeniería Civil y Medio Ambiente de Salta (ICMASA)
- Instituto de Ingeniería y Desarrollo Industrial de Salta (IIDSA)
Los tres últimos con dependencia de la Facultad de Ingeniería. Sus objetivos y trayectorias permiten asegurar una dinámica de investigación en temas específicos de ingeniería que sustentan la actividad científica y tecnológica en la Unidad Académica y garantizan la continua formación de recursos humanos calificados y el perfeccionamiento de la planta docente.
La Facultad de Ingeniería adopta la política general de investigación que promueven los Institutos de Investigación que funcionan en la Unidad y se integra a la actividad de la Universidad Nacional de Salta a través del Consejo de Investigación (CIUNSa). El CIUNSa es quien coordina las actividades de investigación científico – tecnológico, de desarrollo y de capacitación de estudiantes y egresados. Esto último, a través de becas o cargos de auxiliares de investigación al que se accede a través de concursos públicos.